以质谱为基础的定量蛋白质组学对于生物学和临床研究都是一个重要的方法，比如识别功能模块和路径，或者是监控疾病的生物标志物。两个或两个以上的样本研究差异表达蛋白，那么相对定量是非常重要的。目前itraq和label free的方法广泛运用于定量蛋白组学。itraq允许同时标记和定量四个和八个样本，通过结合在一个运行多个样品,仪器分析可以减少时间，通过将多个样品混合为一体，仪器分析的时间可以减少，不同的LC/MS运行变化不影响结果；Label-free的方法被用于鸟枪法和靶向代谢组学，光谱峰墙和光谱计数的测定是label free最普遍的两种方法，这两种方法都会产生大量的LC/MS的原始数据，因此需要一些生物信息学的工具。到底最合适的定量蛋白质组学的方法是什么，这是一个持续的争论。

       苏黎世大学的Trinh等人在感染和未感染HAdV的人类长皮A549细胞中，使用两种不同的方法检测到了大量蛋白的相对丰度，此外，对于每一个定量方法使用了两个独立的定量软件来减少定量的误差。相同的数据使用不同的软件产生了可比较的差异倍数和校准模式，两种方法都很好的诠释了病毒感染细胞蛋白上调或者下调的趋势，两个软件包的R²相关系数相关性好，他们应用于相同的数据集，itraq定量的值在0.48和0.78之间，label-free定量为0.5和0.86。发现label free比itraq具有较大的动态范围，似乎比itraq具有更高的准确性，itraq易于了低估蛋白质实际的丰度变化。而后又通过WB证实了这一发现，这WB的结果显示感染HAdV-B3的细胞中的AG2含量下调，相比itraq在label-free中更加明显，WB量化的差异倍数与label-free更加的接近。在HAdV-C5中AG2在WB和label-free中都被检测到了，而itraq中却没有。总而言之，itraq低估了复杂混合物种蛋白质的比率，label-free方法比iTRAQ更精确。

参考文献：Trinh H V, Grossmann J, Gehrig P, et al. iTRAQ-based and label-free proteomics approaches for studies of human adenovirus infections[J]. International journal of proteomics, 2013, 2013.