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《The ISME Journal》：沿海浮游微生物的环境蛋白组学研究
人阅读 发布时间：2015-03-27 10:50
宏蛋白组是应用蛋白质组学技术对微生物群落进行研究的一项新技术，在在特定的时间对微生物群落的所有蛋白质的组成进行大规模的鉴定。现代分子生物学揭示，自然界中微生物群落远比人们预期的复杂和多样，大量的不可培养微生物是潜在的资源宝库，如何认识这些不可培养微生物以及如何对其利用是值得研究者深入思考的问题。
俄勒冈州立大学的Sowell等报道了来自俄勒冈州夏季表层水的微生物蛋白质组的构成，这些微生物都经过<1.2微米滤膜过滤收集，采用了维液相色谱与电喷雾串联质谱分析，参考蛋白组数据是GOS数据库（GOS的数据包含有大约2500万条DNA序列，估计可以编码大约600万种蛋白质，这些序列都是来自于海洋微生物。）。光谱最常检测参与蛋白质折叠和生物合成,运输,和病毒衣壳结构的对应蛋白质。总共36%检测的蛋白来自SAR11演化枝的细菌（是迄今世界海洋中最丰富的微生物，因而也是碳循环中一个重要因素。最初之所以这样命名，是因为它们是在“马尾藻海 Sargasso Sea”中发现的。），17%来自Roseobacter演化枝的细菌，6%来自贫瘠海洋的Ƴ-变形菌纲群体，1%来自OM43演化枝细菌。相比寡营养水域,在这个高营养丰富的系统没有检测出来磷酸盐转运蛋白。然而,转运氨基酸、牛磺酸、多胺和谷氨酰胺合成酶是最高度检测的蛋白质,预测碳和氮比磷酸盐在这个环境收到更多的限制。有趣的是，高度检测的蛋白质之一甲醇脱氢酶来自OM43分支,这进一步证明了最近的报道,这些报道称最新的亲甲基醇菌的一个碳化合物可能是沿海海洋生物地球化学的一个重要特性。
参考文献：Sowell S M, Abraham P E, Shah M, et al. Environmental proteomics of microbial plankton in a highly productive coastal upwelling system[J]. The ISME journal, 2011, 5(5): 856-865.
俄勒冈州立大学的Sowell等报道了来自俄勒冈州夏季表层水的微生物蛋白质组的构成，这些微生物都经过<1.2微米滤膜过滤收集，采用了维液相色谱与电喷雾串联质谱分析，参考蛋白组数据是GOS数据库（GOS的数据包含有大约2500万条DNA序列，估计可以编码大约600万种蛋白质，这些序列都是来自于海洋微生物。）。光谱最常检测参与蛋白质折叠和生物合成,运输,和病毒衣壳结构的对应蛋白质。总共36%检测的蛋白来自SAR11演化枝的细菌（是迄今世界海洋中最丰富的微生物，因而也是碳循环中一个重要因素。最初之所以这样命名，是因为它们是在“马尾藻海 Sargasso Sea”中发现的。），17%来自Roseobacter演化枝的细菌，6%来自贫瘠海洋的Ƴ-变形菌纲群体，1%来自OM43演化枝细菌。相比寡营养水域,在这个高营养丰富的系统没有检测出来磷酸盐转运蛋白。然而,转运氨基酸、牛磺酸、多胺和谷氨酰胺合成酶是最高度检测的蛋白质,预测碳和氮比磷酸盐在这个环境收到更多的限制。有趣的是，高度检测的蛋白质之一甲醇脱氢酶来自OM43分支,这进一步证明了最近的报道,这些报道称最新的亲甲基醇菌的一个碳化合物可能是沿海海洋生物地球化学的一个重要特性。
参考文献：Sowell S M, Abraham P E, Shah M, et al. Environmental proteomics of microbial plankton in a highly productive coastal upwelling system[J]. The ISME journal, 2011, 5(5): 856-865.
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