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超详细教程 | 轻松掌握上传蛋白质组数据的方法

发布时间:2021-05-27 09:59 |  点击次数:

目前,蛋白质组学已成为一个热门的主流研究手段,在投稿的过程中,大部分主流杂志都需要作者在在第三方平台上提交蛋白质组的原始数据作为实验数据支持。 
ProteomeXchange(简称 PX) 网站作为目前主流的蛋白质组学质谱上传数据的存储平台(http://www.proteomexchange.org),旗下包括有 PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST 等子平台,研究者可以根据需要选择通过 ProteomeXchange 客户端直接上传原始数据。同时,国内平台也可以选择 iProX 等其他几个网站数据上传网站,但往往很多第一次做蛋白质组学需要上传数据的老师对于平台的使用并不了解。今天就以 PX 为例来分享下蛋白质组数据上传的小技巧。

 

详细教程


1. 进入 Proteomexchange 网站界面,地址:http://www.proteomexchange.org/

点击上传数据;



2. 点击 Download 获得数据上传小工具

下载后的数据上传工具是一个压缩包,首先我们要保证电脑安装有 java,【java】安装包路径:https://www.java.com/zh-CN/download/
之后解压缩下载工具,双击 px-submission-tool-2.4.13.jar 打开数据上传工具。

3. 打开上传工具后进行注册, 注册完成后,密码会发送到注册的邮箱中,之后在上传工具中使用该账号密码进行登陆即可。

 

4. 登录后会显示选择是完全上传还是部分上传,虽然网站显示的更为推荐的选项为全部上传(Complete Submission),但一般来讲只需要上传原始数据的话选择部分上传(Partial Submission)就可以;

选择部分上传后会出现点击 Next 的界面,直接确认继续即可;继续后有相应的部分上传(Partial Submission)中所需要的数据提示,这一步也直接点击 Next 即可;


5. 按照以下空格处的示例,填写具体的项目信息,此处注意好每一栏的字数限制,超出限制或者不达标的情况下,是无法进行提交的;最下一栏中有下拉框需要选择具体的组学方法,按照项目类型选择即可;


6. 填写相关信息后,就是上传原始数据的界面了。一般 RAW 文件指蛋白组学下机的原始数据(格式为.RAW);Search 为查库数据,不同查库软件的查库结果数据模式以及文件格式不同,但上传后的 File Type 都选择 Search 即可;大多数情况下,我们选择的都是部分上传(Partial Submission),这部分 RAW 和 Search 为必须文件。




7. 上传完成后,即可点击 Next,进入下一步;这一步需要点击 Relate 按钮将 RAW 文件对应到 Search 文件中,这部分也比较好理解,就是如果是所有的 RAW 文件一起查库的话,就是对应同一个查库文件;有多个查库文件的情况下,需要将查库结果和原始数据一一对应进去。


8. 提交后需要填写项目的具体信息,再次提交后会弹出填写实验室基本信息的界面,这部分填写相应的信息即可,且都为必填项;

如果蛋白定量方法下拉栏中无对应您的定量方法,可以选择最下方的 Others quantification method,点击后会弹出以下窗口,在 Term Name Search 一栏中输入对应词条点击 Search 按钮,系统会检索到对应条目,选择该条目,点击右下角的 Use selected term 即可。

MS instruments 的选择是一样的,如果在下拉框中无对应的仪器信息,选择 Others MS Instruments 进入检索栏搜索对应仪器名称选择即可。确认该步骤信息无误后点击 Next 进入下一步信息填写。

填写基本信息后,系统会问你该提交的项目是否是属于其他大项目中的子项目,一般这一步都是可以直接下一步的;


9. 而后需要确认相关项目信息以及上传文件数据无误;此处一定要记得勾选 PRIDE Archive dataset license 才能顺利的点击 submit 进入数据上传环节。


显示 Submission in progress 后就可以耐心等待数据上传啦。一般我们建议数据上传过程中避免网络波动,同时如果这一步出现报错,可以尝试关闭电脑防火墙以及电脑管家等程序,再进行上传。上传数据成功后,系统会提供一个序列号,但是这个序列号是无法在文章中使用的。一般来讲,大概几个工作日后,数据审核完成会给注册的邮箱重新发送一个序列号,在文章中提供该邮件中提供的序列号就可以啦。

 

学会了吗?快来试试吧!